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2009


Uso y funcionamiento del sistema de almacenamiento NetApp FAS3170
Presentación del clúster de Bull
SIESTA Course. Introductory.
Cuarta edición del curso de formación para el Repositorio Español de Ciencia y Tecnología (RECYT)
Schrödinger Workshop
Uso y funcionamiento del sistema de almacenamiento NetApp FAS3170 (avanzado)
Tripos Workshop
Quinta edición del curso de formación para el Repositorio Español de Ciencia y Tecnología (RECYT)
INTEUM Training
Entorno de trabajo y herramientas de la Química Computacional en el CESCA
Schrödinger Presentation
TranSiesta School


• Uso y funcionamiento del sistema de almacenamiento NetApp FAS3170
12 de enero, de 9:30 a 16 horas.

Formación básica.

Satec ofrece una formación sobre el nuevo sistema de almacenamiento NetApp FAS3170 para que el personal técnico del CESCA se familiarice con este nuevo equipamiento. En el curso se tratarán las principales características y funcionalidades de la cabina NetApp FAS3170 a nivel de hardware y de Ontap, el sistema propietario de NetApp.

Temario:

-
Introducción
-
Funciones del Storage Appliance
-
Productos y licencias de Storage Appliance
-
Protocolos de acceso a ficheros (SAN-NAS)
-
El sistema Data Ontap 7.X - configuración básica (FilerView-Consola)
-
Ficheros de Configuración
-
Administración de Discos
-
Administración de Agregados/Volúmenes
-
Administración de Red
-
Administración SAN
-
Clúster


Lugar:

Sala de Formación
CESCA
Gran Capità, s/n (Edificio Annexus)
08034 Barcelona


• Presentación del clúster de Bull
29-30 de enero, de 9:30 a 14 horas.

Bull realiza un curso de formación sobre el funcionamiento del nuevo clúster adquirido para que el personal técnico del CESCA se familiarice con este nuevo equipamiento. El clúster está conformado por 56 procesadores (de 4 núcleos) a 3,0 GHz, 896 GB de memoria principal y 28 TB en disco; además de dos nodos para gestión y acceso, cada uno de ellos con dos procesadores (de 4 núcleos) a 2,5 GHz, 1,16 TB de espacio en disco y 8 y 16 GB de memoria, respectivamente. También, dispone de una red de alto rendimiento InfiniBand que permite optimizar el rendimiento de las aplicaciones moderadamente paralelas.

Temario:

-
HPC architecture
-
XBAS5 overview
-
XBAS5 Installation
-
ClusterDB
-
BSBR alias Mkcdrec
-
BMC/IPMI/Nsctrl
-
Conman/SOL
-
Ksis/ksis postconfig
-
PDSH
-
Syslog-ng
-
NSMaster
- InfiniBand overview


Lugar:

Sala de Formación
CESCA
Gran Capità, s/n (Edificio Annexus)
08034 Barcelona


• SIESTA Course. Introductory.
19-22 de mayo, de 9:00-17:30 martes-jueves, de 9:00-13:00 viernes.

Este curso realizará una introducción teórica básica, incluyendo la teoría que hay tras SIESTA (DFT, transporte cuántico) y sesiones prácticas (configuración básica, técnicas computacionales y analíticas con SIESTA). Concretamente, se tratarán los siguientes aspectos:


Temario:

-
The theory behind SIESTA:

-
From basic Quantum Mechanics, to Atomic, to Solid State Physics.
-
Basic Density Functional Theory, the Self Consistent Field Loop.
-
Quantum Conduction through molecular scale contacts.

-
The SIESTA Method:

-
The SIESTA basis sets.
-
Order-N.
-
Applicability of the method.

-
Hands-on practical sessions. Basic techniques with SIESTA:

-
Setting up systems (choosing the theoretical model and the configuration).
-
Setting up different configurations: Molecules, Chains, Slabs, Bulks and Open systems.
-
Choosing the theoretical model framework (exchange and correlation functional, computing and using pseudopotentials, ...).

-
Setting up computation-related parameters:

-
Covergence related general parameters.
-
Parameters that affect the computation accuracy for molecules, periodic, and open systems.
-
Tuning parameters that can speed up convergence.

-
Analyzing the output: Numerically and graphically:

-
Energies, Forces, Electronic density, Conductance and transmission spectrum, Mulliken populations, Magnetic polarization, Electrical dipole, Band structures, ...

Para más información pueden consultar este PDF (Documento en PDF, 614 KB).


Lugar
:

Edificio Annexus, CESCA


Material presentaciones:

19 de mayo
  1. Theory Introduction. Electronic Simulation Basic Concepts of DFT (Document zip, 3,08 MB)
  2. What is SIESTA. The Method and the Program (Document zip, 1,82 MB)
  3. Using SIESTA at CESCA (Document zip, 670 KB)
  4. Theory Pseudopotentials (Document zip, 2,39 MB)
  5. Practical Session. Creating and Testing Pseudopotentials (Document zip, 293 KB)
  6. Theory Molecules (Document zip, 298 KB)
  7. Practical Session. Computing the Stable Configuration of Molecules (Document zip, 1,01 MB)
20 de mayo
  1. Theory. Periodic Systems (Document zip, 799 KB)
  2. Practical Session. Periodic Systems (Document zip, 246 KB)
  3. Practical Session: Continued Periodic Systems (Document zip, 246 KB)
  4. Theory. Numerical Convergence Concepts (Document zip, 2,97 MB)
  5. Practical Session. Finding the Converged Total Energy Forces and Bands for Some Simple Systems (Document zip, 1,60 MB)
21 de mayo
  1. Theory Technical SIESTA (Document zip, 1,04 MB)
  2. Theory. Open Boundary Systems. Quantum Transport Concepts (Document zip, 3,50 MB)
  3. Practical Session. Setting up Open Systems (Document zip, 0,45 KB)
  4. Theory. Transmission Spectrum and Ballistic Conductance (Document zip, 3,51 MB)
  5. Practical Session. Computing the Transmission Spectrum and Conductance of Some Systems (Document zip, 0,63 KB)
  6. Practical Session Continued. Computing the Transmission Spectrum and Conductance of Some Systems (Document zip, 0,67 KB)
22 de mayo
  1. Theory Computing Other Magnitudes Using SIESTA (Document zip, 2,54 MB)
  2. Practical Session. Computing These Other Magnitudes Using SIESTA (Document zip, 0,54 KB)
  3. Practical Session Continued. Computing These Other Magnitudes Using SIESTA (Document zip, 0,58 KB)
  4. Summary of the Course (Document zip, 0,37 MB)
Practical
  1. Practical (Document zip, 17,33 MB)


Idioma:

Inglés.


Información:

Para más información sobre el curso, pueden contactar con el personal del CESCA a través de promocioE-mailcesca.cat o 93 205 6464 (ext. 600) o con el equipo de SIESTA en siestaE-mailuam.es o 91 497 3805.


Organizan

SIESTA Course


CESCA



• Cuarta edición del curso de formación para el Repositorio Español de Ciencia y Tecnología (RECYT)
25-27 de mayo, de 9 a 18 horas.

El Repositorio Español de Ciencia y Tecnología (RECYT) es un conjunto de servicios destinados a la comunidad científica española que tiene por objetivo apoyar la profesionalización e internacionalización de las publicaciones científicas españolas. El repositorio cuenta con una parte pública (Hemeroteca) que permite el alojamiento de revistas científicas de calidad contrastada y con una parte privada (Edición de Revistas) que facilita el uso de una herramienta que gestiona la edición integral de las publicaciones. En este curso se pretende mostrar el funcionamiento del repositorio y el proceso de edición de las revistas que contiene.


Lugar
:

Sala de Formación
CESCA
Gran Capità, s/n (Edificio Annexus)
08034 Barcelona


Organiza
Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología

Colabora

CESCA



• Schrödinger Workshop
10-12 de junio, de 9:00-17:00.

Este curso, impartido por Schrödinger, describe las características y funcionamiento de este oftware útil para el diseño de fármacos. Tiene una duración de tres días, a los cuales uno puede inscribirse por separado, según las necesidades. Los tres días incluyen teoría y sesiones prácticas. El primer día consta de una introducción para principiantes o usuarios que no hayan trabajado antes con el software de Schrödinger. El segundo y tercer día están destinados a los usuarios que conocen el software, o a los principiantes que han asistido el primer día, y estará centrado en métodos basados en la estructura y algunos métodos basados en el ligando y su aplicación en el diseño de fármacos.


Agenda:

10-06-09 Introduction to Maestro and Tips & Tricks
Afternoon session, 14:30 - 17:00


14:30
Arrival and registration

15:00
Introduction to Maestro, a powerfull, all-purpose molecular modelling environment tips, tricks and features in Maestro

17:00
Close

11-06-09 Structure-Based Discovery
All day session, 9:00 - 17:00

9:00
Protein Preparation, SiteMap, Primer Modelling and loop refinement, MD loop refinement

12:00
Lunch break

13:00
Hands-on session for morning topics

17:00
Close

12-06-09 Structure- and Ligand-Based Discovery
Morning session, 9:00 - 15:00

9:00
CombiGlide and Shape-Based Searching

12:00
Lunch break

13:00
Hands-on session for morning topics

15:00
Close




Lugar
:

Sala de Formación
CESCA
Gran Capità, s/n (Edificio Annexus)
08034 Barcelona


Lenguaje
:

Inglés.


Inscripciones:

La asistencia es gratuita, pero es necesario inscribirse ya que las plazas son limitadas. Para formalizar la inscripción es ncesario enviar un correo electrónico a Katia.DekimecheAdreça de correu electrònicschrodinger.de indicando a qué día o días del curso queréis asistir y les vuestros datos personales y de contacto.


• Uso y funcionamiento del sistema de almacenamiento NetApp FAS3170 (avanzado)
15, 16 y 18 de junio.

Formación avanzada.

Satec ofrece una segunda formación sobre el sistema de almacenamiento NetApp FAS3170 para que el personal técnico del CESCA complemente la formación básica sobre este equipamiento impartida el mes de enero.

Temario:

15 de junio, de 9 a 14 horas.
-
Conceptos generales
-
Descripción de la arquitectura de almacemiento
  • Configuración de controladoras
  • Conexionado de bandejas
  • Configuración de interfaces
  • Arquitectura de Cluster FAS3170
  • Opciones globales de configuración
  • Seguridad
  • LDAP
  • Autosupport
-
Administración de filers
-
Configuración de discos
-
Operaciones con discos


16 de junio, de 11 a 14 horas.
-
Configuración de volúmenes
  • Definición de agregados
  • Definición de volúmenes
  • Definición de Qtrees
  • Deduplicación
  • Definición de snapshot
  • Definición de cuotas
  • Administración de cuotas
-
Configuración de red
  • Configuración de interfaces de red
  • Configuración de VIF (interfaces virtuales)
  • Configuración de VLAN
  • Ficheros de configuración
-
Configuración NFS
  • Administración NFS


18 de junio, de 9 a 14 horas.
- Configuración MultiStore
  • Definición de Vfiler
  • Definición de volúmenes
  • Opciones de configuración
  • Operaciones con Vfiler
- Configuración SAN
  • Diseño de SAN
  • Administración SAN
  • Definición de LUN
  • Configuración de LUN
  • Administración de LUN
- Monitorización FilerView / CLI
- Análisis de errores - syslog


Lugar:

Sala de Formación
CESCA
Gran Capità, s/n (Edificio Annexus)
08034 Barcelona



• Tripos Workshop
8 de octubre, de 9:30-17:30.

Este curso, impartido por Tripos, describe las nuevas características y el funcionamiento de este software útil para el diseño de fármacos.


Agenda:

9:30
Bienvenida

10:15
Introduction and demonstration of Pantheon, our new platform.

10:45
Descanso

11:15
Training on SYBYL, Structure-Based Virtual Screening
Surflex-Dock (protein flexibility, customizing scoring functions, etc.)

14:00
Comida

15:00
Training on SYBYL, Ligand-Based Virtual Screening
Shape-Based Virtual Screening & R-Group Virtual Screening

17:30
Clausura



Lugar
:

Sala de Formación
CESCA
Gran Capità, s/n (Edificio Annexus)
08034 Barcelona


Lenguaje
:

Inglés.


Inscripciones:

La asistencia es gratuita, pero es necesario inscribirse ya que las plazas son limitadas. Para formalizar la inscripción es necesario enviar un correo electrónico a secretariaDireccion de correo electronicocesca.cat indicando vuestros datos personales y de contacto.

Pueden encontrar más información en este PDF. pdf.gif

Si tenéis cualquier pregunta, no dudéis en contactar con Teresa Via (promocioDireccion de correo electronicocesca.cat) o Yohan Boursereau (ybourserDireccion de correo electronicotripos.com).



• Quinta edición del curso de formación para el Repositorio Español de Ciencia y Tecnología (RECYT)
28-30 de octubre, de 10 a 18 horas.

El Repositorio Español de Ciencia y Tecnología (RECYT) es un conjunto de servicios destinados a la comunidad científica española que tiene por objetivo apoyar la profesionalización e internacionalización de las publicaciones científicas españolas. El repositorio cuenta con una parte pública (Hemeroteca) que permite el alojamiento de revistas científicas de calidad contrastada y con una parte privada (Edición de Revistas) que facilita el uso de una herramienta que gestiona la edición integral de las publicaciones. En este curso se pretende mostrar el funcionamiento del repositorio y el proceso de edición de las revistas que contiene.


Lugar
:

Rafael Hoteles Orense
Paseo del Doctor Vallejo Nájera, 59
28005 Madrid


Organiza

Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología

Colabora

CESCA



• INTEUM Training
9-11 de noviembre, de 9:00-17:00.

INTEUM es un software de gestión de la propiedad intelectual que engloba la totalidad de las fases de este proceso. Está estructurado en diferentes módulos (registro, protección y comercialización) y contiene otras aplicaciones relacionadas con la gestión de patentes. En esta formación se describirá el funcionamiento de este software, sus características y principales funcionalidades. El curso se dividirá en dos bloques: formación básica (9 y 10 de noviembre) y formación avanzada (11 de noviembre).


Agenda:

9 de noviembre, The Basics

9:00
General Introduction

Navigation Through Inteum C/S

Document Management

13:00
Lunch break

14:00
Data Management

17:00
Close


10 de noviembre, The Basics

9:00
Reports, Reports and More Reports

Financial Management Introduction

13:00
Lunch break

14:00
Basic Activity Management

Correspondence Management

17:00
Close



11 de noviembre, Advanced

9:00
Reports, Reports and More Reports

Basic Activity Management

Marketing Managementç

13:00
Lunch break

14:00
Special Features Introduction

Administrative Review

Questions and Answers

17:00
Close


Podéis encontrar la agenda extendida en este PDF (Document en PDF, 45 KB)


Lugar
:

Sala de Formación
CESCA
Gran Capità, s/n (Edificio Annexus)
08034 Barcelona


Lenguaje
:

Inglés.


Inscripciones:

Esta formación está dirigida al Grupo de Propiedad Intelectual (GPI) usuario de este software en el CESCA, pero también está abierto a la participación externa. Si estáis interesados en asistir poneros en contacto a través del correo electrónico secretariaAdreça de correu electròniccesca.cat.



• Entorno de trabajo y herramientas de la Química Computacional en el CESCA
23-24 de noviembre.

En esta nueva edición del curso impartido por el CESCA se explicará el funcionamiento del área de Supercomputación y de las herramientas y el apoyo que se pone al alcance de la comunidad científica para facilitar su investigación. Está dirigido principlamente a doctorandos que se inician en la investigación, pero también a los investigadores que quieran profundizar en el conocimiento del uso de los recursos disponibles. El curso consta de dos módulos independientes, en los que uno puede inscribirse por separado.

El primer módulo, de carácter básico, dará una visión general de los recursos disponibles, su funcionamiento y el modo más eficiente de utilizarlos. Esta primera jornada incluirá una sesión de trabajo con los técnicos del CESCA donde los asistentes podrán hacer las prácticas que les parezcan interesantes, contando con la ayuda de los tres técnicos del área de Supercomputación del CESCA. Esta sesión va dirigida tanto a usuarios noveles que quieran ayuda para empezar a calcular en nuestras máquinas, como a usuarios avanzados que quieran afrontar, con nuestra ayuda, problemas particulares que se hayan encontrado.

El segundo, orientado específicamente a las herramientas para la química computacional, empezará con una introducción a los diferentes métodos teóricos. A continuación, se analizarán las diferentes aplicaciones científicas disponibles, incidiendo en sus funcionalidades y metodologías. Se darán las pautas necesarias para iniciarse en el uso de cada una de ellas.

El segundo día se hará la presentación de la nueva versión de Gaussian 09, Rev. A.02. Esta es la última versión del software, que incorpora un gran número de nuevas funcionalidades en diferentes ámbitos teóricos y supone un cambio sustancial respecto a la anterior versión (Gaussian 03). Por un lado se presentarán las principales novedades que introduce esta nueva versión. Por el otro, habrá una sesión general donde se introducirá al usuario en el cálculo con Gaussian, especialmente en los cambios en esta versión. Además, al final de la jornada el usuario podrá probar tanto esta última versión de Gaussian, como cualquiera de los programas disponibles en el CESCA, contando de nuevo con el apoyo de los técnicos del centro.

Este curso combinará sesiones teóricas y prácticas. No es necesario tener conocimientos previos para asistir a ninguno de los módulos, pero sí es recomendable tener nociones básicas de UNIX/Linux.

  • Módulo I: Entorno de trabajo en el CESCA (23 de noviembre)
9:30
Entrega de la documentación

9:45
Bienvenida

10:00
Recursos disponibles: descripción del hardware y el software (Document en PDF, 6,76 MB)

11:00
Descanso

11:30
Gestor de colas: LSF (Document en PDF, 797 KB)

13:00
Comida

14:00
Herramientas de desarrollo: compiladores, depuradores y analizadores (Document en PDF, 840 KB)

15:00
Sesión de trabajo con los técnicos del CESCA

18:00
Fin de la primera sesión


  • Módulo II: Herramientas para la Química Computacional en el CESCA (24 de noviembre)
9:00
Presentación de Schrödinger

10:15
Introducción a los métodos de la química teórica y computacional (Document en PDF, 1,62 MB)

11:00
Descanso

11:30
Aplicación para la química teórica, la biología y el diseño de fármacos (Document en PDF, 1,05 MB)

12:00
Presentación del Gaussian09 (Document en PDF, 2,93 MB)

13:00
Comida

14:00
Trabajando con el Gaussian09 (Document en PDF, 941 KB)

15:00
Otros programas de química computacional (GAMESS, NWChem, ADF...) (Document en PDF, 1,02 MB)

16:00
Hands-on (Mòdulo I Document en PDF, 2,02 MB; Módulo II Document en PDF, 1,46 MB)

18:00
Fin de la segunda sesión


Lugar:

Sala de Formación
CESCA
Gran Capità, s/n (Edificio Annexus)
08034 Barcelona


Ponentes
:

Alfred Gil y David Tur, CESCA


Inscripciones:

Este curso es gratuito pero es necesario inscribirse, indicando el módulo o módulos a los que se quiere asistir, a través de secretariaAdreça de correu electròniccesca.cat. La reserva se hará por riguroso orden de inscripción, ya que la capacidad de la sala es limitada.



• Schrödinger Presentation
24 de noviembre, de 9 a 11 horas.

En esta presentación, que impartirá Schrödinger, se presentarán las nuevas características y desarrollos de la reciente Suite 2009 Schrödinger, y se continuará con una sesión de preguntas y respuestas específicas por parte de los usuarios usando demostraciones de Maestro.

Podéis encontrar más información en este PDF (Document en PDF, 202 KB)


Lugar
:

Sala de Conferencias
CESCA
Gran Capità, s/n (Edificio Annexus)
08034 Barcelona


Lenguaje
:

Inglés.


Inscripciones:

La asitencia es gratuita, pero es necesario inscribirse ya que las plazas son limitadas. Para formalizar la inscripción es necesario enviar un correo electrónico a secretariaAdreça de correu electròniccesca.cat antes del 23 de noviembre indicando vuestros datos personales y de contacto.



• TranSiesta School
14-16 de diciembre.

Desde el lanzamiento de la versión 3.0b, el paquete libre de Siesta incluye TranSiesta. Por eso, ahora todos los usuarios de Siesta pueden efectuar cálculos de transporte cuánticos ab initio. El correcto uso de esta herramienta, no obstante, requiere de unos conocimientos específicos de conceptos adicionales.

El propósito de este curso es ofrecer una introducción específica al uso de TranSiesta. Se asume que los interesados en asistir tienen conocimientos del funcionamiento del software Siesta, tanto de los aspectos prácticos (preparar un archivo de entrada para un sistema molecular o un sólido) como de algunos conceptos teóricos, como por ejemplo el uso de condiciones periódicas de contorno y orbitales atómicos estrictamente localizados.

Este curso se centrará en el uso del formalismo de las funciones de Green fuera de equilibrio (NEGF), en un lenguaje accesible, y en algunos aspectos técnicos de la implementación de TranSiesta. El objetivo es facilitar la comprensión del procedimiento general de los cálculos de transporte y de las opciones disponibles para los ficheros de entrada. Finalmente, se mostrarán algunos casos a modo de ejemplo con diferentes características de transporte y de análisis que se pueden hacer, incluyendo sesiones prácticas en el ordenador.

Se espera que los investigadores asistentes al curso adquieran la suficiente familiaridad con el código para ser capaces de hacer sus propios cálculos con seguridad.


Agenda:

La mañana del lunes 14 estará dedicada a la entrega de las acreditaciones y documentación del curso, y a la configuración de los portátiles para aquellos asistentes que usen los suyos propios. El curso teórico comenzará a las 14:00 h. Podéis encontrar la agenda completa en este PDF (Documento en PDF, 73 KB).


Profesorado de teoría y práctica:


Dr. Thomas Frederiksen, DIPC, San Sebastiàn
Dr. Frederico D. Novaes (Chair), ICMAB, Barcelona
Prof. Pablo Ordejón, CIN2, Barcelona
Prof. Magnus Paulsson, Kalmar University
Dr. José A. Torres, SIESTA Manager, Madrid


Organizadores:


Dr. Frederico D. Novaes (Chair), ICMAB, Barcelona
Prof. Magnus Paulsson, Kalmar University
Dr. Thomas Frederiksen, DIPC, San Sebastián


Idioma
:

Inglés.


Lugar:

Centre de Supercomputació de Catalunya (CESCA)
Gran Capità, s/n (Edificio Annexus)
08034 Barcelona


Inscripciones:

El curso tiene un precio de 250 €. Incluye los materiales del curso y los coffee breaks. No incluye la estancia que irá a cargo de cada asistente.

Para registraros hace falta que PRIMERO rellenéis el formulario de inscripción. Si hay plazas disponibles en el momento de hacerlo, recibiréis una confirmación por correo electrónico que indicará los detalles para el pago del curso. Quedaréis oficialmente registrados una vez enviéis la copia de la transferencia de pago del curso.


Información general relacionada con las sesiones prácticas:

La Sala de Formación del CESCA dispone de 16 PC, cada uno de los cuales será compartido por dos personas durante las sesiones prácticas. Por eso, sólo se puede garantizar la disponibilidad de PC para los primeros 32 solicitantes. Además, se habilitará una segunda sala que podrá ser ocupada por un máximo de 12 personas. Aquellos a los que no se les pueda proporcionar un PC, tendrán que llevar su propio portátil para realizar las prácticas. Los requisitos mínimos del sistema son: 1 GB de RAM y los sistemas operativos Linux, Windows XP o Mac OS (preferiblemente Linux).


Información
:

Existen diferentes residencias de estudiantes en Barcelona (www.resa.es/esl/residencias). La más próxima a las Instalaciones del CESCA es la de Torre Girona.

Para más información podéis contactar con F.D. Novaes a ts.school.09Emailgmail.com o con el personal del CESCA a promocioEmailcesca.cat.


Organizan

SIESTA Course


CESCA

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