Sybyl

El programa Sybyl de Tripos es un paquete de programas pensado para mejorar la automatización del proceso de diseño de fármacos y facilitar la toma de decisiones en el campo de la química computacional y la modelización molecular. La aplicación proporciona los componentes fundamentales para la comprensión de la estructura molecular y las propiedades de las especies estudiadas, haciendo énfasis en el descubrimiento de nuevas entidades químicas. Consta de herramientas para la construcción, edición y visualización, tanto de pequeñas como de grandes moléculas.

Descripción

Actualmente están instaladas las versiones 7.1 y 7.3 de Sybyl. Las principales características del programa son:

Análisis conformacional de moléculas mediante búsqueda sistemática o dinámica molecular

3D QSAR, HQSAR y QSPR

Predicción de propiedades ADME

Generación de farmacóforos

Docking y Virtual Screening

De Novo Design

Construcción de librerías combinatorias de compuestos

En el fichero SYBYL_brochure.pdf del directorio /prod/TRIPOS/ se puede encontrar más información sobre las principales herramientas del programa.

Tenemos licenciados los siguientes módulos del programa:

2 licencias flotantes de SYBYL

1 licencia flotante para cada uno de los módulos siguientes:
- QSAR
- CombiLibMaker/Legion
- Unity Base

1 licencia wildcard para los módulos siguientes:
- DiverseSolutions
- Selector
- ConFort
- LeapFrog
- Advanced CoMFA
- BioPolymer

Para poder trabajar con el programa es necesario reservar como mínimo una licencia de SYBYL. Los módulos de los que se dispone licencia flotante pueden utilizarse simultáneamente, ya sea para un mismo usuario o para otro usuario que utilice la segunda licencia de SYBYL. En cambio, de los módulos con licencia tipo wildcard solamente pueden seleccionarse uno de los disponibles en la lista, y no admiten usuarios simultáneos.

Utilización

Es imprescindible que siempre se realice la reserva previa a través del sistema electrónico de reservas.

La interfaz gráfica de Sybyl se encuentra instalada en la estación de trabajo HP xw8000 (encantat), en donde será necesario conectarse con vuestro código habitual y realizar la emulación del terminal con la instrucción: setenv DISPLAY nombre_máquina:0.0

Una forma alternativa de exportar el DISPLAY hacia vuestra máquina es utilizar la opción -X cuando os conectéis a encantat vía ssh.

Seguidamente será necesario establecer el entorno del programa con la instrucción

trigo -shell sybyl7.3

y finalmente arrancar el programa con

sybyl7.3

Aparecerá la interfaz gráfica de Sybyl, con la que ya se puede comenzar a trabajar. Si al abrir la aplicación no aparece el menú superior, solo será necesario hacer la pantalla más grande para que aparezca.

Seguidamente se realizan una serie de consideraciones específicas para algunos de los módulos disponibles:

Las siguientes funcionalidades, además de la licencia de QSAR, requieren una licencia de Advanced CoMFA:
- Region Focusing
- QSAR Optimization
- Analysis Notes
- Progressive Scrambling

Los métodos Jarvis-Patrick Clustering y Reciprocal Nearest Neighbor necesitan una licencia del módulo Selector.

Para poder hacer ranking, relaxing o tightening de los hits encontrados mediante Unity, hay que reservar una licencia de QSAR y una de Selector, además de la de Unity.

Para seleccionar subconjuntos diversos de bases de datos de Unity (Database Dissimilarity) o para crear perfiles de similitud de dos bases de datos en función de las huellas 2D (Database Comparison) es necesaria una licencia de Unity.

Documentación

Accediendo a la opción "Help--->Tripos Bookshelf" de la barra de menús superior se abrirá un navegador que permite consultar toda la documentación del programa. Se recomienda leer el apartado "Sybyl Basics" antes de comenzar a trabajar.

Se puede encontrar información adicional en la página web de Tripos.