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ADF 
ADF (Amsterdam Density Functional) es un programa mecano-cuántico para sistemas poliatómicos que implementa la teoría del funcional de la densidad (DFT) utilizando funciones de base de tipo Slater.
Accesibilidad
| Máquina | Versiones disponibles |
Versión Paralela |
Instrucción de llamada |
| Altix (obacs) |
2007.01 | Sí | adf2007.01 |
| 2006.01 |
Sí |
adf2006.01 | |
| 2005.01b |
SÍ |
adf2005.01b | |
| 2004.01 | SÍ | adf2004.01 | |
| CP4000 (cadi) |
2007.01 | Sí | adf2007.01 |
| 2006.01 | SÍ | adf2006.01 | |
| 2005.01b | SÍ | adf2005.01b | |
NovaScale (prades) |
2008.01 | SÍ | adf2008.01 |
| 2007.01 | SÍ | adf2007.01 |
ADF se puede utilizar en un gran abanico de campos de la
ciencia que incluyen la espectrocopia molecular, la
química orgánica e inorgánica, la
química farmacéutica y la ciencia de los
materiales. Las principales funcionalidades del programa
son:
Para obtener más información sobre los cambios introducidos en cada una de las versiones, podéis consultar la página de Scientific Computing & Modelling (SCM).
- Cálculos puntuales de la energía.
- Optimizaciones de geometría.
- Búsqueda de estados de transición.
- Cálculos de frecuencias y de propiedades termodinámicas.
- Establecimientos de caminos de reacción.
- Cálculo de cualquier configuración electrónica.
- Energías de excitación e (hiper)polarizabilidades, utilizando la teoría del funcional de la densidad dependiendo del tiempo (TDDFT).
- Determinación de desplazamientos químicos en espectros NMR.
- Cálculo de los coeficientes de Van der Waals.
- Tratamiento de sistemas grandes y su entorno utilizando la aproximación QM/MM (Quantum Mechanics/Molecular Mechanics).
- Tratamiento de los efectos relativísticos con aproximación escalar y spin-órbita utilizando el formalismo ZORA (Zero Order Regular Aproximation) o el formalismo de Pauli.
- Descomposición de la energía de enlace en los componentes que responden a conceptos químicos relevantes (interacciones estéricas, repulsión de Pauli, interacciones orbitálicas...).
- Representación de los resultados (coeficientes moleculares, poblaciones de Mulliken) en términos de los fragmentos químicos que constituyen la molécula.
- Determinación de la carga atómica utilizando los análisis de Hirshfeld y Voronoi además del clásico análisis de población de Mulliken.
Para obtener más información sobre los cambios introducidos en cada una de las versiones, podéis consultar la página de Scientific Computing & Modelling (SCM).
Utilización
Para ejecutar ADF, es necesario cargar las variables de
entorno mediante el módulo correspondiente. Se puede
encontrar más información sobre el entorno de
módulos en la sección
Environment Modules.
El programa ADF se ejecuta con la instrucción siguiente:
comanda_crida [path/]run
donde instrucción_llamada es alguna de las listadas en la tabla anterior, según la versión que se desee utilizar (adf2007.01, adf2006.01, adf2005.01b, etc...), y run es un script realizado en shell donde se llama al ejecutable adf pasándole los parámetros del cálculo.
El programa ADF se ejecuta con la instrucción siguiente:
comanda_crida [path/]run
donde instrucción_llamada es alguna de las listadas en la tabla anterior, según la versión que se desee utilizar (adf2007.01, adf2006.01, adf2005.01b, etc...), y run es un script realizado en shell donde se llama al ejecutable adf pasándole los parámetros del cálculo.
Ejemplos
En el directorio /usr/local/examples de cada una de las máquinas (y para las diferentes versiones) encontraréis ejemplos de ficheros para enviar al batch utilizando la versión secuencial o la paralela.
En el directorio /prod/ADF/ADFversio/examples/adf encontraréis un conjunto de ejemplos sencillos del script run que cubren todas las funcionalidades del programa.
Documentación
Los manuales del programa se pueden consultar en
línea en formato HTML o bien se puede obtener una
versión imprimible en formato Word o RTF en la
sección de documentación de SCM.
Encontraréis más información sobre ADF en su homepage.
Encontraréis más información sobre ADF en su homepage.
