Aplicacions

• Software químic:

  ADF

  Amsterdam Density Functional és una implementació de la teoria del funcional de la densitat per càlculs moleculars que utilitza funcions de base tipus Slater.

  Amber

  Programa de modelatge molecular (Molecular Mechanics/Molecular Dynamics) dissenyat per al procés en batch de simulacions biomoleculars de gran escala (malgrat que també és aplicable a molècules petites).

  CADPAC (Cambridge Analytical Derivatives Package)

  Programa ab initio per al càlcul mecano-quàntic de propietats d'àtoms i molècules.

  C2-CASTEP (Cambridge Serial Total Energy Package)

  CASTEP és un mòdul de mecànica quàntica integrat dins el paquet Cerius2 de modelatge molecular de MSI (Molecular Simulations Incorporated). CASTEP permet fer càlculs de l'energia de sistemes periòdics i de les propietats relacionades utilitzant funcions de base d'ones planes i tècniques DFT.

  Catalyst

  Programa de Molecular Simulations Inc. que té la capacitat de definir i cercar farmacòfors (patrons) en bases dades d'estructures químiques tridimensionals de compostos d'interès biològic.

  CNDUV99

  Programa de Química Quàntica amb metodologia semiempírica que permet calcular transicions electròniques. Utilitza l'aproximació SCF-CNDO-CI de Pople i Segal.

  CRYSTAL

  Programa de càlcul en sistemes periòdics, tant tridimensionals, bidimensionals com monodimensionals que utilitza el mètode Hartree-Fock-LCAO amb funcions de base gaussianes. A l'IBM SP2 es disposa de les versions seqüencial i paral.lela.

  DeFT

  Programa basat en la Density Functional Theory (DFT). Implementació d'Alain St. Amant a partir del programa deMon, que utilitza gaussianes com a funcions de base.

  DGauss

  Programa basat en la Density Functional Theory (DFT) que utilitza funcions de base gaussianes.

  GAMESS

  Programa de Química Quàntica de propòsit general (càlculs ab initio i semiempírics d'orbitals moleculars, propietats, etc.). La versió de l'IBM SP2 és paral.lela.

  Gaussian

  Paquet de programes per realitzar càlculs mecano-quàntics a nivell ab initio i a nivell semiempíric.

  HONDO

  Paquet de programes mecano-quàntics a nivell ab initio que permeten calcular l'estructura electrònica i propietats de molècules i agregats.

  ithaca

  Paquet de programes de la Universitat d'Ithaca que permeten calcular i analitzar l'estructura electrònica d'una mol.lècula o d'un agregat. El càlcul és a nivell ab initio, amb o sense pseudopotencials i amb la possibilitat d'utilitzar diferents tipus de funció d'ona.

  Jaguar

  Jaguar és un programa que realitza càlculs mecano-quàntics a nivell ab initio utilitzant mètodes pseudoespectrals i tècniques de correlació local.

  MNDO

  Programa de càlcul semiempíric. Implementa els següents mètodes: MNDO, MNDOC, MNDO/d, AM1, PM3, MINDO/3, CNDO/2, les funcions d'ona per a RHF i UHF, a més de tractaments de correlació. S'ha d'accedir mitjançant la interfície gràfica UniChem.

  MOPAC

  Programa de Química Quàntica de propòsit general (càlcul semiempíric). Implementa els Hamiltonians MNDO, MNDO/3, MNDO-PM3 i AM1.

  PSHF-CIPSI

  Paquet de programes per efectuar càlculs químico-quàntics a nivell ab initio.

  UniChem

  UniChem és un programa per la química computacional que consta d'una interfície gràfica que permet manipular dades, visualitzar resultats i generar fitxers d'input i d'un conjunt de programes de química computacional (CADPAC, DGauss, Gaussian, MNDO).

  YAeHMOP

  Programa de càlcul extended-Huckel Tight-binding (EHTB) que disposa d'una interfase gràfica que permet visualitzar els resultats d'una manera simple.

• Bases de dades paral.leles

  ORACLE

  Oracle és una base de dades relacional. A l'IBM SP2 hi ha instal.lada la versió 8.0.3 que proporciona una major escalabilitat i pertany a la nova generació de dades objeto-relacionals i universals.

• Visualització

  NCAR Graphics

  NCAR Graphics és un paquet de visualització que proporciona un entorn integrat de processament de grans volums de dades i la seva posterior visualitzacio. És de propòsit general tot i que és àmpliament utilitzat en les àrees de meteorologia, astrofísica i ciències medioambientals.

A la secció Programari de supercomputació trobareu més informació sobre cadascuna d'aquestes aplicacions.